Objetivo: Avaliar a capacidade da desinfecção intratubular com preparo químico-mecânico (PQM) modificado realizado com instrumentos endodônticos associados a insertos ultrassônicos acrescidos com protocolos de irrigação final (PIF) testando diferentes substâncias irrigadoras em canais achatados. Método: Cem pré-molares inferiores achatados inoculados com Enterococcus faecalis foram divididos em Grupo Controle (GC: n=10), que não recebeu nenhum preparo no canal, e em grupos teste de acordo com a substância irrigadora utilizada (n=30): Grupo Soro fisiológico (SS), Grupo Hipoclorito de Sódio (2,5% NaOCl) e Grupo Clorexidina (2% CHX). Os espécimes foram preparados com Reciproc® Blue 25/.08 (R25), insertos ultrassônicos Flatsonic® e Clearsonic®, e Reciproc® Blue 40/.06 (R40). Cada grupo teste foi dividido em três subgrupos (n=10), de acordo com o PIF estabelecido: Irrigação Convencional (IC), com cânula e seringa de irrigação; Irrigação Ultrassônica Passiva (PUI) e Irrigação Ultrassônica Contínua (CUI), com inserto ultrassônico Irrisonic®. Os terços cervical e apical dos canais radiculares foram submetidos à microscopia confocal de varredura a laser para quantificar a viabilidade bacteriana presente nos túbulos dentinários. A análise estatística foi realizada pelos testes de Mann-Whitney e KruskalWallis seguidos pelos testes de Dunn (p < 0,05). Resultados: As substâncias irrigadoras NaOCl 2,5% e CHX 2% foram eficazes na desinfecção intratubular do terço cervical independentemente do PIF. O grupo SS apresentou resultados significativos na descontaminação intratubular quando a CUI foi realizada no terço cervical. O NaOCl 2,5% foi mais eficiente na descontaminação do terço apical. Conclusão: O PQM modificado realizado com instrumentos endodônticos associados com os insertos ultrassônicos Flatsonic e Clearsonic acrescidos com os PIF utilizando o NaOCl 2,5% foi promissor na desinfecção intratubular em ambos os terços analisados em canais achatados.