A irradiação em microondas por 6 minutos - 650 W é efetiva na desinfecção de próteses totais (PTs) e prevenção de infecção cruzada, mas pode alterar as propriedades mecânicas das resinas. Este estudo avaliou a efetividade da irradiação em microondas por 3 minutos sobre PTs contaminadas com P. aeruginosa e S. aureus. Também foi avaliada a irradiação, por 3 e 5 minutos, na desinfecção de PTs contaminadas com B. subtilis. Setenta PTs padronizadas foram esterilizadas, individualmente contaminadas com os microrganismos (MOs) selecionados e incubadas (48 horas/37 °C). Em seguida, 30 PTs (n = 10 por MO) não foram irradiadas. Trinta PTs foram imersas em 200 mL de água destilada estéril e irradiadas (3 min/650 W). Dez PTs restantes contaminadas com B. subtilis foram submetidas à irradiação por 5 minutos (650 W). As suspensões foram plaqueadas em meios de cultura seletivos, e após 48 horas, as colônias foram contadas. Os dados foram estatisticamente analisados pelos testes de Kruskal-Wallis e de Dunn (p < 0,05). Concluiu-se que a irradiação por 3 minutos promoveu a esterilização das PTs contaminadas com S. aureus e P. aeruginosa e a desinfecção das contaminadas com B. subtilis. A irradiação por 5 min resultou um grau semelhante de desinfecção das PTs contaminadas com B. subtilis, em comparação a irradiação por 3 minutos.