Introdução:A análise da antropometria facial é uma ferramenta valiosa para monitorar o crescimento infantil, identificar assimetrias e variações normais, além de auxiliar no diagnóstico, planejamento e avaliação de intervenções, sobretudo em crianças com fissura labiopalatina. Objetivo: Realizar uma análise antropométrica facial em crianças com diferentes fenótipos de fissuras labiopalatinas por meio do sistema de estereofotogrametria tridimensional (3D). Método: CAAE - 73915023.8.0000.5441. Sessenta e sete participantes, entre 5 e 6 anos de idade, compuseram os seguintes conjuntos amostrais: Grupo 1 – fissura unilateral de lábio; Grupo 2 – fissura unilateral completa de lábio e palato; e Grupo 3 – fissura isolada de palato. As imagens faciais 3D foram obtidas por meio de um equipamento portátil de estereofotogrametria e, posteriormente, analisadas com um software do mesmo sistema. Foram definidos dezenove pontos anatômicos faciais para a quantificação de quatorze medidas lineares retas. Para a análise estatística, foram aplicados o Coeficiente de Correlação Intraclasse, ANOVA seguido pelo teste de Tukey e Kruskal-Wallis seguido pelo teste de Dunn (α=5%). Resultado: Houve diferença estatisticamente significativa no comprimento labial superior (Sn-Ls) e na largura dos lábios (Chd-Che), sendo que os Grupos 1 e 2 apresentaram valores mais elevados em comparação ao Grupo 3 (p=0,005 e p=0,002, respectivamente). Além disso, o Grupo 1 mostrou os maiores valores para os parâmetros de comprimento labial (Ls-Li) e largura nasal (Ald-Ale) em relação ao Grupo 3 (p<0,001 em ambos). Conclusão: Conclui-se que existem diferenças antropométricas faciais entre os fenótipos de fissura labiopalatina, especialmente nos parâmetros analisados na região nasolabial. Os participantes com fissura unilateral de lábio e fissura completa unilateral de lábio e palato apresentaram valores superiores em comparação aos indivíduos com fissura isolada de palato.