Introdução:Objetivo do tratamento endodôntico é a eliminação de microrganismo, a irrigação do canal radicular é uma das etapas indispensáveis. O PUI auxilia na maior eliminação. Algumas bactérias podem sobreviver ao irrigante tradicional (NaOCl) a partir disso outras alternativas foi pesquisada. Objetivo: Avaliar o efeito in vitro do protocolo de irrigação com as emulsões de Tomilho e Palmarosa associadas à ativação ultrassônica passiva, por meio de microscopia confocal. Método: O experimento foi submetido e aprovado pelo CEUA: 0209-2022. Para a avaliação antibiofilme, incisivos centrais e laterais inferiores tiveram seus canais preparados biomecanicamente com Reciproc R25, padronizados em 12cm de comprimento, esterilizados e contaminados com biofilme misto obtido a partir de cepas planctônicas de E faecalis, S. mutans, A.israelli, L. casei e F. nucleatum. Os protocolos de irrigação foram realizados com Hipoclorito de sódio 1%, soro, Palmarosa e Tomilho associados à ativação ultrassônica passiva, analisados em microscopia confocal após 5 minutos e 48 horas. Os resultados foram analisados com ANOVA e teste de Tukey, com nível de significância de 5%. Resultado: A análise quantitativa evidenciou que o hipoclorito de sódio 1% foi a solução mais potente em inibir biofilme intrarradicular em 5 minutos (p < 0,05). Ambas as emulsões apresentaram atividade antibiofilme em 5 minutos semelhante ao hipoclorito em 48h (p > 0,05), reduzindo o potencial antimicrobiano em 48 horas. Conclusão: As emulsões de Palmarosa e Tomilho apresentaram atividade antimicrobiana significativa quando utilizadas em um protocolo final de irrigação, mas foram menos efetivos que o hipoclorito de sódio.