Introdução: O consultório odontológico pode representar um risco de infecção cruzada devido à qualidade da água utilizada nos procedimentos. A contaminação das linhas de água dos equipos pode estar relacionada à formação de biofilme nas tubulações. Dessa forma, torna-se fundamental analisar os parâmetros microbiológicos da água e implementar protocolos eficazes de controle e prevenção da contaminação. Objetivo: Avaliar a eficácia de um protocolo de descontaminação das linhas de água de seis equipos da FO-UNIFAL-MG. Método: O protocolo consistiu em um tratamento de choque com solução de NaOCl 0,5% mantida por 10 a 15 minutos nas linhas de água de 6 equipos, seguida por utilização de água filtrada. Foi realizada a coleta da água da fonte de abastecimento e coletas da água advinda da seringa tríplice e da alta rotação imediatamente antes e logo após o protocolo. Em um equipo, realizou-se novamente o choque seguido por coleta de água. As coletas foram armazenadas em tubos separados, com meio de cultura para bactérias e para fungos, e incubadas em estufa a 35°C. A análise da contaminação microbiológica foi realizada através de Unidades Formadoras de Colônia (UFC). Resultado: Não houve contaminação significativa na fonte de abastecimento de água. Antes do choque, em 67% dos equipos, havia < 50 UFC fúngicas, e em 50% havia > 300 UFC bacterianas. Após o choque, todos os equipos apresentaram níveis aceitáveis de colônias fúngicas (<10 UFC), enquanto os kits de bactérias apresentaram 1 equipo com 300-500 UFC, 1 equipo com 50-100 UFC, 2 equipos com 10-30 UFC e 2 equipos com <10 UFC. Diante desse resultado, foi testado um segundo choque em 1 equipo, alcançando 0 UFC tanto na análise de bactérias quanto de fungos. Conclusão: A realização de 2 choques foi necessária para eliminar a contaminação bacteriana das linhas de água. A avaliação dos parâmetros biológicos da água constitui um aspecto essencial da biossegurança, podendo ser incorporado à rotina do consultório odontológico.