Introdução: Apesar da eficácia antimicrobiana do hipoclorito de sódio, este irrigante pode provocar inflamação periapical, motivando a busca por alternativas. Nesse contexto, plantas medicinais vêm sendo investigadas por seu potencial anti-inflamatório. Objetivo: O objetivo deste trabalho foi avaliar in vivo a biocompatibilidade e o poder flogógeno das emulsões de Palmarosa e Tomilho. Método: O protocolo experimental foi aprovado pelo Comitê de Ética Institucional sobre Uso de Animais da Unesp (Processo FOA n° 0209-2022). Para a análise histológica, tubos de polietileno com os extratos foram implantados no dorso de 24 ratos machos Wistar. A análise da cápsula fibrosa e do infiltrado inflamatório foram realizadas após 7, 15 e 30 dias. Os dados foram submetidos à análise estatística com nível de significância de 5%. Para a quantificação do edema, foram utilizados 36 ratos que receberam injeção intravenosa de Azul de Evans 1%. Após 30 minutos, os animais receberam injeção subcutânea na região dorsal de emulsão de Palmarosa ou Tomilho ou soro fisiológico (controle). Os animais foram eutanasiados após 3 e 6 horas, as amostras coletadas, imersas em formamida por 72h e avaliadas por espectrofotometria. Os testes de Mann-Whitney e Kruskal-Wallis foram usados para analisar os dados histológicos, e os resultados do teste edemogênico foram analisados com ANOVA e teste de Tukey, com nível de significância de 5%. Resultado: A diminuição da inflamação foi significativamente melhor após 15 dias do que após 7 dias (p < 0,01), não havendo diferença estatística entre as emulsões e o grupo controle (p > 0,05). Após 30 dias, a resposta de ambas as emulsões foi semelhante ao controle. O grupo Tomilho induziu maior edema em comparação com o grupo controle em 3 horas, e não mostrou diferença comparado com a Palmarosa. Em 6 horas, ambas as emulsões apresentaram maior edema inflamatório que o grupo controle (p<0,05). Conclusão: Constatou-se que as emulsões de Palmarosa e Tomilho são biocompatíveis e geram exsudado inflamatório que intensifica até 6 horas.