Introdução: O acúmulo de biofilme na superfície interna das próteses totais é potencializado pela higienização inadequada. Neste sentido, a incorporação de produtos naturais em dentifrícios pode favorecer o controle do biofilme. Objetivo: Este ensaio clínico aleatorizado, controlado, cruzado e duplo cego avaliou a atividade antibacteriana de dentifrícios experimentais à base de Melaleuca alternifólia, Pinus strobus, Bowdichia virgilioides Kunth e Eucalyptus citriodora contra o biofilme protético de indivíduos totalmente edêntulos. Método: Participantes, selecionados de acordo com critérios de elegibilidade (n=17), foram distribuídos aleatoriamente em cinco grupos: controle positivo (dentifrício à base de Cloramina-T) e quatro grupos de dentifrícios experimentais, identificados de forma cega (A, B, C, D e E). Os participantes foram orientados a escovar suas próteses três vezes ao dia. Cada dentifrício foi utilizado por 14 dias com wash out de 7 dias aplicado até que todos completassem uma sequência aleatória. O biofilme coletado (dessorção) em solução tampão de fosfato foi avaliado no baseline e após o uso dos dentifrícios. A ação antibacteriana frente Staphylococcus spp., bactérias gram negativas e aeróbios totais foi mensurada pela contagem de unidades formadoras de colônia. Resultados: Os dados foram analisados pelo teste ANOVA de medidas repetidas (Aeróbios totais) e Teste de Friedman, com nível de significância de 5%. Não houve diferença significativa entre os dentifrícios (controle e experimentais) e, entre eles e o baseline, para Staphylococcus spp. (p=0,367), incluindo manitol positivo (p=0,334) e manitol negativo (p=0,523), bactérias gram negativas (p=0,188) e aeróbios totais (p=0,575). Conclusão: Os dentifrícios experimentais tiveram resultados similares ao dentifrício controle, e não afetaram a ação antibacteriana uma vez que não apresentaram resultados diferentes do baseline. Outras variáveis como remoção do biofilme, viabilidade e metabolismo celular devem ainda ser avaliadas.