Introdução: A formação de biofilmes em bases de próteses pode causar infecções locais e sistêmicas, comprometendo significativamente a qualidade de vida dos pacientes. Entretanto, ainda não há consenso sobre qual o método ideal de descontaminação que não danifique as bases de prótese. O ácido cítrico tem se destacado pelo seu excelente potencial de limpeza, custo-benefício e baixa agressividade às superfícies de materiais. Objetivo: Avaliar o potencial antimicrobiano do ácido cítrico contra biofilmes polimicrobianos orais, bem como seu impacto nas propriedades mecânicas, estéticas e morfológicas de resina acrílica. Métodos: Amostras de resina termopolimerizável de 10 mm x 2 mm foram produzidas. Os seguintes grupos foram avaliados: controle negativo (NaCl 0,9%), hipoclorito de sódio (HS) 0,5%, Periogard^®, CoregaTabs^® e ácido cítrico (AC) a 10%. A caracterização das superfícies foi realizada antes, após uma aplicação e após 7 dias de imersão das amostras nas soluções de descontaminação. As amostras foram analisadas por microscopia eletrônica de varredura (MEV), perfilometria, ângulo de contato com água, microdureza e estabilidade de cor. O efeito antimicrobiano foi avaliado em biofilmes microcosmos, considerando unidades formadoras de colônia, peso seco, metabolismo e morfologia por MEV. Os dados foram submetidos à análise estatística, com nível de significância de 0,05. Resultados: As soluções testadas não alteraram significativamente as características de superfície da resina. Apenas Periogard® e AC aumentaram a hidrofilicidade da superfície. Todos os grupos, exceto o NaCl, demonstraram efeito antimicrobiano similar contra biofilmes em relação a microbiota total e Candida. Entretanto, AC destacou-se na limpeza da superfície por reduzir o peso seco e metabolismo microbiano. Conclusão: O ácido cítrico apresenta-se como uma solução de descontaminação promissora para bases de próteses, devido à sua maior eficácia antimicrobiana e por não afetar negativamente as propriedades da resina acrílica.