Introdução: A periodontite é uma doença inflamatória crônica, induzida por bactérias, que causa a destruição dos tecidos de suporte dentário. Os peptídeos antimicrobianos (PAMs) são importantes componentes da reposta imune inata e um dos principais mecanismos de defesa do sulco gengival. As defensinas, beta (HBD) e alfadefensinas, são os PAMs predominantes em humanos. Objetivo: Avaliar o efeito do tratamento periodontal não-cirúrgico (TPNC) nos níveis das beta-defensinas 1, 2 e 3 (HBD-1, 2 e 3) no fluido crevicular gengival (FCG) de pacientes com periodontite. Método: Vinte e dois pacientes com bom estado geral de saúde e periodontite, estágio III ou IV e grau A, foram incluídos. Após avaliação dos parâmetros clínicos periodontais, o FCG foi coletado de dois sítios sadios (sem inflamação gengival, PS ≤ 3 mm, sem SS ou perda de inserção clínica) e de quatro sítios doentes, dois com perda de inserção moderada (PS= 4 - 5 mm, NIC ≥ 4 mm e SS) e dois sítios com perda inserção avançada (PS e NIC ≥ 6 mm e SS). Em seguida, o TPNC foi realizado por meio raspagem e alisamento radicular. Um mês após término do TPNC, foram realizadas novas coletas do FCG dos sítios selecionados e reavaliação dos parâmetros clínicos. A quantificação dos níveis HBDs foi realizada pela técnica ELISA sanduíche. Resultados: O TPNC foi eficaz na melhoria dos parâmetros clínicos periodontais. Níveis mais elevados de HBD 1 e 2 foram observados nos sítios sadios em comparação com ambos os sítios doentes no baseline. Um aumento significativo nos níveis de HBD 1 foi verificado tanto no sítio sadio como nos sítios doentes após término do TPNC. No entanto, não foram detectadas diferenças significativas nos níveis pré e pós-tratamento das HBD 2 e 3. Conclusão: O tratamento periodontal não-cirúrgico teve um efeito significativo apenas nos níveis de HBD 1 no fluido crevicular gengival de pacientes com periodontite.