Introdução: O preparo biomecânico visa a redução de bactérias no interior dos canais radiculares e a fim de potencializar a desinfecção, pode-se utilizar medicação intracanal. Objetivo: Assim, este estudo clínico randomizado avaliou a ação antimicrobiana e sobre endotoxinas (LPS) e ácido lipoteicoico (LTA) de diferentes medicações intracanal (MIC) em dentes com necrose pulpar e periodontite apical (PA) (estudo aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa com seres humanos - nº 4.346.722). Metodologia: Foram selecionados 45 dentes unirradiculares de pacientes com necrose pulpar e PA. Os canais foram preparados com lima reciprocante e irrigação com NaOCl 2,5%, seguido de MIC com: hidróxido de cálcio [Ca(OH)2 + solução salina] (n=15); Ca(OH)2 + N-acetilcisteína (NAC) (n=15); e clorexidina + NAC (n=15). Foram feitas coletas do canal radicular após abertura coronária, preparo biomecânico (PBM) e após 14 dias da MIC e estas foram analisadas quanto a atividade antimicrobiana (UFC/mL), níveis de LPS (EU/mL) pelo teste de Lisado de Amebócitos de Limulus – (LAL) e de LTA pelo ensaio imunoenzimático (ELISA); os dados foram submetidos aos testes estatísticos (p<0,05). Resultados: Verificou-se que o PBM com NaOCl 2,5% reduziu significativamente a carga bacteriana do canal radicular; as MICs foram efetivas na manutenção dessa desinfecção, mas somente o Ca(OH)2 + soro reduziu significativamente as bactérias dos canais radiculares. As MICs apresentaram efeitos similares sobre LPS e LTA. Conclusão: O Ca(OH)2 + solução salina é a MIC mais eficaz na redução da microbiota presente nos canais radiculares.