Introdução: o Estágio Rural em Saúde Coletiva (ERSC) desempenha um papel relevante na formação acadêmica ao proporcionar aos estudantes vivências práticas na Atenção Primária à Saúde (APS) em áreas rurais. No contexto da escassez de serviços odontológicos em comunidades remotas, a formação voltada para a APS desempenha um papel importante na promoção da saúde bucal e prevenção de doenças. Objetivos: relatar a experiência dos discentes em odontologia da Universidade do Estado do Amazonas (UEA) durante o ERSC, enfocando as dificuldades e barreiras enfrentadas no retorno dos municípios para Manaus, durante a pandemia da Covid-19. Além disso, visa explorar o impacto do estágio na formação acadêmica dos estudantes. Método: os discentes aplicaram conhecimentos teóricos em situações clínicas durante o ERSC, enfrentando os desafios da saúde bucal em contextos rurais. Realizaram procedimentos odontológicos e atenderam às necessidades da comunidade. A experiência foi interrompida pela declaração oficial da pandemia, levando ao afastamento dos alunos das atividades. Resultados: o retorno dos estudantes para a capital Manaus no meio período do ERSC, enfrentou dificuldades logísticas, decorrentes das restrições e protocolos sanitários impostos pela situação pandêmica, houve a interrupção dos transportes rodoviários e embarcações locais. O acesso a Manaus tornou-se complexo, interrompendo as atividades acadêmicas e o acompanhamento dos estudantes por preceptores. Essa interrupção abrupta impactou significativamente na experiência do estágio. Conclusão: o ERSC durante a pandemia apresentou desafios logísticos e limitações de acesso nas áreas rurais do Amazonas. Apesar das dificuldades, a vivência permitiu aos estudantes compreenderem os desafios da APS em áreas rurais, fortalecerem habilidades clínicas e desenvolverem responsabilidade social. O estágio foi fundamental na construção da identidade profissional dos discentes, incentivando o compromisso com a promoção da saúde em comunidades desassistidas.