Introdução: O insucesso do tratamento endodôntico é caracterizado pela presença de periodontite apical pós-tratamento, e a principal etiologia é a infecção persistente. Compreender as causas do insucesso do tratamento endodôntico é de suma importância para o manejo adequado desta condição. Objetivo: Investigar a localização e o conteúdo microbiano nos casos de insucesso endodôntico tratados cirurgicamente, através de uma revisão de escopo. Método: A revisão seguiu a lista de recomendações PRISMA-SrC e foi registrada no Open Science Framework. A busca foi realizada até dezembro de 2020 nas bases de dados MEDLINE (PubMed), Embase (OVID) e Cochrane Library. Os critérios de inclusão foram: estudos que avaliaram ápices dentários ou lesões endodônticas de falhas tratadas cirurgicamente, quanto ao aspecto microbiológico; estudos clínicos ou casos clínicos. Resultados: Foram encontrados 2042 artigos na busca, e 17 foram incluídos neste estudo. O número de dentes analisados nos estudos variou de 1 a 95, sendo principalmente dentes anteriores. A maioria dos pacientes teve como principais sintoma e sinal, dor e edema. O procedimento cirúrgico mais realizado para tratar o insucesso foi a apicectomia (11 estudos), seguido do procedimento de apicectomia com curetagem. Quanto à localização do conteúdo microbiano, as bactérias foram localizadas na lesão periapical ou em biofilmes extrarradiculares, em 11 estudos; na porção apical do canal radicular ou forame apical, em 7 estudos; e dentro do canal principal, em 6 estudos. Nestes casos, as espécies bacterianas encontradas foram variadas, mas Actinomyces, Enterococcus e Streptococcus foram presentes em quase todos os estudos. Conclusão: O biofilme extrarradicular foi presente na maior parte dos estudos que avaliaram a localização microbiana no insucesso endodôntico; não foram identificadas bactérias específicas relacionadas a esta condição.