Introdução: O acúmulo de biofilme e seu perfil microbiano são os principais fatores etiológicos da gengivite. O uso de terapias adjuvantes tem sido sugerido para controle do biofilme dental, mostrando impactos variáveis no perfil microbiano, que interferem diretamente na resposta clínica ao tratamento. Nesse sentido, a utilização de probióticos tem demonstrado resultados promissores na redução de periodontopatógenos e na melhora dos parâmetros clínicos gengivais. Objetivo: Este ensaio clínico duplo-cego, randomizado e controlado por placebo avaliou os efeitos microbiológicos da cepa probiótica Bifidobacterium animalis subsp. lactis HN019 (B. lactis HN019) como adjuvante no tratamento da gengivite. Material e método: Sessenta indivíduos com gengivite generalizada foram submetidos à raspagem supragengival e receberam pastilhas placebo (grupo C) ou probióticas (grupo PROB), duas vezes ao dia durante 8 semanas. Avaliaram-se o sangramento à sondagem marginal (BOMP) e o biofilme dental, por sequenciamento do gene 16S rRNA. Os dados foram estatisticamente analisados (p<0,05). Resultados: Após 8 semanas, o grupo PROB apresentou menor percentual de BOMP em relação ao grupo C. O grupo C apresentou aumento no gênero Schaalia e na espécie C. gingivalis, associada à gengivite, ao longo do estudo. Maior abundância de G. sanguinis, associada à gengivite, foi observada no grupo C em relação ao grupo PROB em 8 semanas. As espécies S. gordonii, L. wadei, Aloprevotella sp. HMT-308, S. meyeri e Schaalia sp. HMT-180 reduziram no grupo PROB e aumentaram no grupo C ao longo do estudo. Menor redução no BOMP foi associada à maior abundância de espécies de Actinomyces, em ambos os grupos, e P. denticola e D. Invisus, no grupo C. No grupo PROB, a maior abundância de espécies de Prevotella foi associada à maior redução do BOMP. Conclusão: Conclui-se que o uso adjuvante de B. lactis HN019 por 8 semanas promoveu uma mudança no perfil microbiológico do biofilme dental, influenciando a resposta ao tratamento de pacientes com gengivite generalizada.