Introdução: Em cirurgias para extração de terceiros molares superiores (3MS), fatores anatômicos podem contribuir para a ocorrência de comunicações oroantrais e alterações sinusais pósoperatórias. Contudo, por mais que haja na literatura a indicação de fatores que podem levar às complicações ainda faltam análises com respostas das condições pós-operatórias reais. Objetivo: Avaliar a relação topográfica entre as raízes dos 3MS e o seio maxilar, bem como as alterações sinusais pré e pós operatórias, e assim, avaliar a influência de tais alterações com as condições sinusais. Metologia: Foram utilizadas imagens de tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC) de 37 3MS, antes e após 7 e 90 dias da exodontia. Nas imagens pré-operatórias foram avaliados: grau de impacção, relação vertical e horizontal das raízes com o assoalho do seio maxilar e angulação dos 3MS. Nas imagens pré e pós-operatórias foi avaliada a ocorrência de: espessamento da mucosa, opacificação parcial o total do seio e cisto de retenção mucoso. As imagens pós-operatórias também foram avaliadas quanto à presença de comunicação bucosinusal. Para a análise estatística, os dados demográficos foram analisados de forma descritiva e foram aplicados os testes t pareado e quiquadrado. Resultados: A distância média da raiz ao assoalho foi de 1.00±0.95mm e observou-se, após exodontia, um aumento da frequência no espessamento da mucosa e da opacificação parcial do seio maxilar no período de 7 dias pós exodontia, que acabou sendo estatisticamente reduzido no período de 90 dias (p<0.05), assim como a redução na opacificação parcial dos seios no mesmo período. Verificou-se que a relação da raiz com o soalho do seio maxilar (posicação e medida) se relacionaram de forma estatisticamente significativa com o espessamento da mucosa e a opacificação parcial. Conclusão: A relação da raiz do 3MS com o assoalho do seio maxilar influencia a condição sinusal real pós-operatória, impactando diretamente nos riscos pré-existentes à cirurgia e no processo de cicatrização do paciente.