Introdução: A periodontite apical (PA) e o tabagismo podem estar associados com alterações bucais localizadas e sistêmicas. A melatonina (MEL) possui propriedades antioxidantes e anti-inflamatórias. Objetivos: Objetivou-se avaliar o grau de inflamação no fígado, traqueia e pulmão de ratos adultos com periodontite apical, suplementados com melatonina e submetidos à inalação passiva da fumaça do cigarro. Material e método: Utilizou-se 128 ratos com 60 dias de idade distribuídos em 8 grupos: controle (CN); ratos tabagistas (T); ratos com periodontite apical (AP); ratos tabagistas com periodontite apical (T+AP); controle com uso de melatonina (CN+ME); ratos tabagistas suplementados com melatonina (T+ME); ratos com periodontite apical suplementados com melatonina (AP+ME); ratos tabagistas com periodontite apical suplementados com melatonina (T+AP+ME). Os grupos tabagistas receberam à inalação passiva de cigarro durante 50 dias e no 20º dia, os grupos com PA foram submetidos à indução da PA e os animais dos grupos MEL foram suplementados com melatonina do 20º dia até 50º dia. Foram coletados fragmentos de pulmão, fígado e traqueia para análise histopatológica e estabelecidos escores de inflamação variando de 0 (ausente), 1 (leve), 2 (moderada) e 3 (intensa). Os resultados foram tabulados e analisados por meio de análise estatística descritiva. Resultados: Como resultado, o fígado apresentou os grupos T+AP e T+AP+ME com grau 1 de inflação (20% dos casos), na traqueia, o grupo AP apresentou grau 3 em 40% dos animais, e o pulmão apresentou os grupos T+AP e T+AP+ME com maiores níveis de inflamação, variando do grau 1 a 2 em 10% e 90% dos animais, respectivamente. Conclusão: Conclui-se que a associação da AP com o tabaco, ou a AP isolada aumentam a intensidade da inflação nos diferentes órgãos estudados, além disso, observa-se que a melatonina atenuou a inflamação nos grupos suplementados com a mesma.