Introdução: As crianças com fissura labiopalatina iniciam o protocolo reabilitador nos primeiros meses de vida por meio das cirurgias de queiloplastia e palatoplastia. Objetivo: Analisar a influência dos protocolos cirúrgicos reabilitadores no desenvolvimento dos arcos dentários superiores de crianças com fissura unilateral de lábio e palato operadas com fechamento palatino em uma etapa e duas etapas. Métodos: Cento e sessenta e oito modelos dentários digitalizados pertencentes ao Grupo 1 (G1, queiloplastia e palatoplastia em uma etapa) e ao Grupo 2 (G2, queiloplastia e palatoplastia em duas etapas) foram avaliados. A amostra foi avaliada em Tempo 1 (T1): préoperatório 1, Tempo 2 (T2): pré-operatório 2 e Tempo 3 (T3): pós-operatório. Foram quantificadas as seguintes distâncias que contornam a superfície palatina, larguras anterior (P-P’) e posterior (U-U’) da fissura, intercanino (C-C’) e intertuberosidade (T-T’), comprimentos dos segmentos menor (P’-T’) e maior (P-T), profundidades da fissura nos segmentos menor (C’-D’) e maior (C-D). Testes paramétricos e não-paramétricos foram aplicados (α=5%). Resultados: Em G1, P-P’, U-U’ e C-C’ reduziram após a queiloplastia (T2), o oposto de P’-T’ (p<.001, p=.003, respectivamente), enquanto C-D aumentou em todos os tempos (p<.001). Em G2, U-U’ e C-C’ reduziram em T2 (p=.001 e p<.001, nesta ordem). Enquanto, P’-T’, P-T, C’-D’ e C-D cresceram em T3 (p<.001, em todos). Na comparação intergrupos, G2 apresentou os melhores percentuais de crescimento em relação a G1 (C’-D’; p=.038). Ademais, C’-D’ apresentou R2=.076, o que significa que 7.6% dos resultados podem ser explicados pela influência do protocolo reabilitador (p=.039). Conclusão: Os arcos dentários tem seu desenvolvimento influenciado pelos protocolos cirúrgicos reabilitadores. Entretanto, as crianças que tiveram o palato operado em duas etapas apresentaram o crescimento palatino mais favorável.