Introdução: O uso incorreto dos instrumentos endodônticos pode acarretar a fratura dos mesmos dentro do sistema de canais radiculares. O clínico se depara com algumas opções de remoção ao considerar essa situação. Objetivo: Relatar um caso clínico de retirada de uma lima endodôntica fraturada da região periapical do incisivo central superior direito, acarretando em uma perfuração da fossa nasal associado a sintomas otorrinolaringológicos, com o auxílio de microscópio cirúrgico odontológico e tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC). Conduta clínica: Paciente de 15 anos, sexo masculino, foi encaminho ao serviço de Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofacial para retirada de lima fraturada em tratamento endodôntico realizado à duas semanas. O paciente se queixou de espirros constantes e desconforto nasal. Considerando as limitações da radiografia periapical, solicitou-se a TCFC constatando a ponta da lima na fossa nasal. Devido a perfuração ter sido mínima, foi realizado o procedimento sob anestesia local, após insucesso na tentativa de retirada com vibrações ultrassônicas, e by-pass, foi utilizado o microscópio cirúrgico para visibilidade, e o fragmento foi empurrado para fora da fossa nasal com o auxílio da pinça clínica. Resultados: A perfuração da fossa nasal não é um acidente comum devido ao tratamento endodôntico e se o paciente tiver acometimento otorrinolaringológico, sugere-se o acompanhamento com um especialista como o cirurgião bucomaxilofacial ou o otorrinolaringologista. Uma vez diagnosticada a lima fraturada, o clínico deve identificar o tipo de fratura e sua relação com outros espaços, como a fossa nasal. Conclusão: Portanto, a TCFC auxilia na remoção de instrumentos fraturados e no tipo de tratamento da perfuração da fossa nasal, sendo necessário o acompanhamento de profissionais qualificados para o procedimento.