Introdução: Molares inferiores comumente apresentam de três a quatro canais radiculares, no entanto, possibilidades de variações morfológicas devem ser consideradas pelo profissional durante o tratamento endodôntico para garantir a melhor conduta e o sucesso do tratamento. Objetivo: Apresentar um relato de caso clínico em que se realizou o tratamento endodôntico do primeiro molar inferior esquerdo com seis canais radiculares. Conduta Clínica: Um paciente do sexo masculino, de 20 anos, compareceu ao consultório com dor forte e localizada na região inferior esquerda e edema na face vestibular. Na imagem radiográfica, observou-se rarefação óssea e reabsorção na raiz distal do dente 36, sendo estabelecido o diagnóstico de periodontite apical sintomática. Na primeira sessão, foi realizado o acesso, esvaziamento e preparo dos canais radiculares com o sistema Reciproc Blue (VDW, Munique, Alemanha) #25 e #40 nos canais mesiais e #50 nos canais distais, além de complementação manual com limas #55 e #60. Foi feita a irrigação ultrassônica passiva e colocado um curativo de demora com pasta de hidróxido de cálcio por 30 dias. Na segunda sessão, foi realizada a obturação dos seis canais radiculares com a técnica do cone único, utilizando o cimento biocerâmico BioRoot RCS (Septodont, Saint-Maur-des-Fossés, France). Resultados: Clinicamente, o paciente não apresentou mais sinais ou sintomas e, após 12 meses, observou-se o reparo ósseo na imagem radiográfica. Conclusão: O conhecimento da anatomia do sistema de canais radiculares associado à correta execução das etapas do tratamento endodôntico levou à resolução da periodontite apical sintomática.