Introdução: A clorexidina é utilizada previamente aos sistemas adesivos condiciona e lava para inibição da MMP (metaloproteinases), enzimas que degradam o colágeno. No entanto, possui interação com o cálcio da dentina, levando a formação da smear layer química. Objetivos: Avaliar o efeito de protocolos de irrigação usando etanol 95% (ET) ou 1% ácido peracético (PA) antes do uso de clorexidina a 2% (CHX) em comparação com água destilada (DW) na formação de smear layer (CSL) e incidência de túbulos dentinários abertos nos terços apical, médio e cervical do espaço protético para pino. Material e método:Quarenta raízes bovinas foram tratadas endodonticamente. Após, foi realizado o preparo do espaço protético para pino e as raízes foram randomizadas em quatro grupos (n = 10) de acordo com o protocolo de irrigação: DW, CHX, CHX-ET e CHXPA. A composição química da CSL e a incidência de túbulos dentinários abertos nos terços do espaço protético para pino foram avaliadas, respectivamente, por imagens de espectroscopia eletrônica dispersiva (ampliação de 500) e microscopia eletrônica de varredura (ampliação de 2000). Os dados de composição química da CSL foram analisados descritivamente, enquanto a incidência de túbulos dentinários abertos foi avaliada por escores e submetida ao teste de Kruskal-Wallis e Dunn (p = 0,05). Resultados: Cl, Bi e Si foram os elementos químicos mais encontrados sobre a dentina após a irrigação com CHX e CHX-ET. Além disso, CHX e CHX-ET mostraram a maior incidência de CSL (p < 0,05), mas sem diferença entre eles (p > 0,05), independente do terço do conduto. DW e CHX-PA apresentaram incidência semelhante de CSL (p > 0,05). Nenhuma diferença na incidência de túbulos dentinários abertos foi encontrada para qualquer protocolo de irrigação e terço do conduto (p > 0,05). O uso de 1% PA antes da irrigação do conduto com CHX diminuiu incidência de CSL. Conclusão: A irrigação do conduto com 95% ET antes do uso de CHX 2% não previne a formação de CSL. No entanto, a irrigação com 1% PA antes do uso de 2% CHX diminui a formação de CSL.