Introdução: O lúpus eritematoso é uma doença de origem autoimune, em que cerca de 75% dos pacientes referem xerostomia. A sialadenite lúpica é muitas vezes diagnosticada ou classificada como secundária a outras doenças como a síndrome de Sjögren. Objetivos: Caracterizar as diferenças morfológicas de glândulas salivares menores de pacientes cm lúpus eritematoso em relação a indivíduos com queixa de xerostomia sem alterações sistêmicas autoimunes ou metabólicas (controle), e comparar o perfil metabólico salivar entre esses grupos. Material e método: Realizaram-se biópsias de glândulas salivares menores e coletaram-se amostras de saliva de 19 pacientes com lúpus etitematoso e xerostomia, e de 17 do grupo controle. As lâminas foram analisadas em microscópio óptico. As amostras de saliva foram preparadas e analisadas por meio de cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas (GC-TOF/MS - Pegasus HT, LECO). Resultados: Foram identificados 48 metabólitos, dos quais 9 foram estatisticamente relevantes (p<0.01, FDR<0.01, FC>2). A 2-cetovalina, glicerol e epinefrina foram encontradas exclusivamente no lúpus eitematoso, enquanto no grupo controle a l-ornitina, 2-aminobenzoxazol, n(alfa)-acetillisina e 4-hidroxifenilacetato foram exclusivos e o estearato e palmitato aumentados. A nálise morfológica apresentou infiltrado inflamatório periductal e perivascular no lúpus eritematoso, entretanto, não foram observados focos de agressão linfomioepitelial. No controle, os aspectos morfológicos variaram de nenhuma alteração à completa degeneração tecidual. Conclusão: Os resultados corroboram as hipóteses acerca da fisiopatologia do lúpus eritematoso nas glândulas salivares, evidenciando alterações específicas que podem estar relacionadas à xerostomia. A presença de metabólitos específicos no lúpus eritematoso representa o desenvolvimento de biomarcadores em potencial para o diagnóstico da doença.