Introdução e Objetivos: A identificação de bactérias específicas em canais radiculares (CR) em condições clínicas distintas pode auxiliar na compreensão dos processos patológicos. O objetivo do estudo clínico foi investigar a presença de Filifactor alocis em CR de dentes com infecção endodôntica primária (IEP) e com infecção endodôntica secundária (IES) por meio de técnicas moleculares. Visou também associar a sua presença aos aspectos clínicos envolvidos. Além disso, também foi quantificado os nível total de células bacterianas nas amostras. Material e métodos: Cem dentes (50 IEP e 50 IES) foram inclusos. Amostras microbianas dos CR foram realizadas utilizando cones de papel absorvente estéreis e identificadas por nested PCR e PCR quantitativo em tempo real (qPCR). A prevalência de F.alocis no CR foi verificada através da análise de qui-quadrado. O teste exato de Fisher ou quiquadrado de Pearson, quando apropriado, foi usado para testar associações entre as características clínicas e radiográficas e a presença de F. alocis. O nível de significância foi estabelecido em 5%. Resultados: F. alocis foi detectado em 23 e 28 (IEP) e 12 e 11 (IES) dos CRs usando Nested PCR e qPCR, respectivamente. Associação positiva foi encontrada entre a presença de F. alocis e IEP, dor, canais úmidos, edema, abscesso e exsudato purulento (P 0,05). Conclusão: IEP abrigam um número significativamente maior de F. alocis do que aqueles com IES. F. alocis foi significativamente associado aos aspectos clínicos presentes em infecções endodônticas primárias e secundárias. A contagem bacteriana total foi semelhante em ambas as condições clínicas.