Recomenda-se uso de clorexidina previamente aos sistemas adesivos convencionais a fim de proporcionar maior longevidade à interface adesiva. Há controvérsias se é recomendada para uso com os sistemas adesivos autocondicionantes, pois ela pode interferir sobre a adesão. O objetivo do estudo foi avaliar os efeitos dos protocolos de irrigação do espaço protético preparado para pino de fibra de vidro, com o etanol a 95% (ET) ou ácido peracético a 1% (PA), posterior ao digluconato de clorexidina a 2% (CHX), sobre a interface adesiva entre a dentina radicular e o sistema de cimentação com cimento resinoso convencional (Relyx Ultimate) e o adesivo Universal. 40 raízes foram selecionadas, instrumentadas e obturadas. O preparo intrarradicular para pino de fibra foi obtido em 11 mm de cervical para apical. Os espécimes foram divididos em 4 grupos(n=20) com os protocolos de irrigação: G1(DW), água destilada; G2(CHX), CHX a 2%; G3(CHX-ET), ET e G4(CHX-PA), PA e posteriormente CHX. Após a realização dos protocolos de irrigação, o pino de fibra foi cimentado com cimento resinoso convencional e sistema adesivo Universal. Os espécimes foram analisados em: teste de resistência de união (push out), padrão de fratura (estereomicroscopia) e penetrabilidade dentinária (microscopia confocal a laser) 6 meses após a cimentação do pino. As análises foram feitas nos terços cervical, médio e apical radicular. Os resultados foram submetidos aos testes de Anova e Tukey, Concluiu-se que o protocolo de irrigação com CHX interfere negativamente na resistência de união do sistema de cimentação e reduz a penetrabilidade na dentina. Já o protocolo de irrigação com o PA reverte favoravelmente os efeitos deletérios da CHX.