INTRODUÇÃO: Na estomatite relacionada à prótese (ERP), a formação de biofilme com alta prevalência de Candida albicans ocorre inicialmente na base acrílica da prótese e posteriormente, na cavidade oral, desencadeando ativação de monócitos e células T, com superprodução de citocinas e subsequentemente levando a um maior risco de doenças orais e sistêmicas. OBJETIVO: Este estudo avaliou a carga microbiana (UFC) de Candida spp., remissão da estomatite e os níveis de citocinas salivares de desdentados com ERP antes e após 10 dias de higiene da prótese com sabão neutro (3x/dia), imersão em NaOCl 0,25% (1x/dia) e escovação do palato (1x/dia). MATERIAL E MÉTODOS: Para isso, trinta e cinco usuários de próteses totais superiores foram classificados quanto ao grau de ERP pela classificação de Newton modificada, os biofilmes da prótese e palato coletados para avaliação da atividade antimicrobiana por contagem UFC de Candida spp., e a saliva não estimulada foi coletada para detecção de citocinas pelo kit BD TM Cytometric Bead Array (CBA) Human Cytokine. Os dados foram submetidos ao Teste t de Student e correlação de Pearson com significância de 5%. RESULTADOS: As diferenças, entre o baseline e após 10 dias, nos níveis de UFC, remissão de estomatite, IL-6, IL-2, IFNY foram significativas (P=0,0001; 0,049; 0,038; 0,04; 0,04 respectivamente). Porém, no mesmo período, os pacientes apresentaram níveis semelhantes de IL-10, IL4, IL-17A e TNF-a salivar. Nos dados avaliados para correlação de Pearson não foi demonstrada a associação entre as UFC e as concentrações de citocinas salivares no baseline e após o tratamento. CONCLUSÃO: Os resultados deste estudo sugerem que o protocolo de higiene utilizado pode ser uma escolha eficaz na redução das UFC, na remissão de estomatite, nas alterações das citocinas salivares e ainda, reduzir uma resposta inflamatória sistêmica.