Introdução: Estudos observacionais transversais recentes verificaram um aumento nas comorbidades relacionadas à Candida spp em pacientes com tuberculose (TB), ao observarem maior número de casos de candidíase na cavidade oral desses pacientes. Objetivo: Este estudo objetiva avaliar a influência do diagnóstico clínico da TB e do tempo de tratamento sobre a prevalência das diferentes espécies de Candida na cavidade bucal e sua correlação com a concentração de antifúngicos salivares: a lactoferrina (Lf) e a histatina-5 (Hist-5). Material e método: Coletou-se saliva e enxaguado bucal de 30 participantes com diagnóstico clínico de TB em duas diferentes ocasiões: com menos de 45 dias de tratamento e quando completaram mais de 120 dias de tratamento anti-TB. Foram avaliadas em cada tempo a prevalência das diferentes espécies de Candida na cavidade bucal e sua correlação com a concentração Lf e Hist-5 mensuradas por ELISA. Como controle, foram incluídos no estudo 60 participantes sem diagnóstico clínico de TB que foram avaliados, uma única vez, com a mesma metodologia. Resultado: Candida spp. foi mais isolada nos pacientes com TB, quando comparada ao grupo controle (p=0,0006, teste qui-quadrado), devido a um maior isolamento de C. não-albicans entre pacientes com TB, sobretudo após 120 dias de tratamento anti-TB. Diferente das C. não-albicans, a C. albicans foi isolada na mesma proporção entre os grupos TB e controle. Os níveis salivares de Lf estiveram em maiores concentrações no grupo TB quando comparados ao grupo controle (p=0,0001; ANOVA), enquanto para a Hist-5 não se observou diferença significante. Conclusão: O tratamento anti-TB acarreta um aumento na frequência de isolamento de C. não-albicans nos pacientes com TB, quando comparados ao grupo controle. Apesar da conhecida atividade antifúngica da Lf e da Hist-5, não foi possível correlacionar seus níveis salivares com o aumento do carreamento da Candida spp.