Introdução: A Disfunção Temporomandibular (DTM) em crianças ainda não tem suas especificidades esclarecidas. Assim, o objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de sinais e sintomas de DTM e variáveis associadas, em crianças de 3 a 9 anos. Materiais e Métodos: A coleta de dados foi realizada em prontuários odontológicos de 356  crianças atendidas na clínica de Odontologia Preventiva e Sanitária II da Faculdade de Odontologia de Araraquara, de 2009 a 2016. Foram incluídas informações reportadas pelas crianças e/ou responsáveis, sobre sinais e sintomas de DTM (dificuldade de abrir a boca ou de movimentar a mandíbula para os lados, dor muscular ao mastigar, dor no ouvido ou na ATM, ruídos na ATM, apertar e/ou ranger os dentes, dores de cabeça frequentes e dores na nuca), saúde geral, bucal e dados demográficos. As variáveis foram analisadas por testes de associação (α=5%), considerando presença de qualquer sinal/sintoma de DTM como variável resposta. Resultados: A idade média das crianças foi 6,2 anos; 51,7% eram meninas. A prevalência de DTM foi de 47,5%, com predominância de apertamento ou ranger de dentes (30,9%) e dor de cabeça frequente (16,9%). As seguintes variáveis mostraram associação significativa (p<0,05) com a variável resposta: boca seca, última visita ao dentista, frequência de escovação e sangramento excessivo. Conclusão: A prevalência de DTM reportada no estudo foi alta, com predominância de apertamento ou ranger de dentes e dor de cabeça, e as variáveis relacionadas à saúde bucal e geral mostraram associação significativa com a presença de sinais/sintomas de DTM.