Nos últimos anos, tem-se avaliado a ocorrência de microrganismos do domínio Archaea no corpo humano e sua possível relação com o estado saúde/doença. Alguns autores relacionaram a presença desses microrganismos anaeróbios com as periodontopatias que são infecções anaeróbias polimicrobianas de natureza endógena e, que estão sujeitas a fatores de riscos, como tabagismo, resposta imune do hospedeiro e doenças sistêmicas. Nesse sentido, a dependência química pode acarretar uma imunossupressão, além de alterações sistêmicas. Desta forma, o presente estudo objetivou avaliar a ocorrência do domínio Archaea em usuários de drogas lícitas ou ilícitas. Os espécimes clínicos foram obtidos de 100 pacientes com dependência química, mantidos em internação em clínica de desintoxicação. Foram coletadas amostras de biofilme subgengival e supragengival, saliva e das superfícies mucosas. A coleta foi realizada no início do período de internação. Após a extração do DNA bacteriano, os mesmos foram submetidas à reação em cadeia da polimerase (PCR) com primes específicos por 36 ciclos com temperatura de 94°C para desnaturação, 58°C para anelamento e 72°C para extensão. Os microrganismos do domínio Archaea foram detectados somente nos biofilmes subgengivais de 5 pacientes. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que a dependência química não interferiu na colonização de bactérias do domínio Archaea, e que a anaerobiose foi um fator determinante, visto que esses microrganismos foram encontrados somente no biofilme subgengival.