O objetivo desse estudo foi comparar a frequência e níveis salivares de alguns microrganismos bucais entre crianças livres de cárie (LC), cárie-ativas (CA) e com cárie severa da infância (CS). Para este estudo, foram avaliadas 16 crianças LC, 17 com CA e 16 com CSI (4 ou mais cavidades de cárie). Amostras de saliva obtidas das crianças foram submetidas à extração do DNA bacteriano utilizando o método químico fenol-clorofórmio. As amostras de DNA salivares foram analisadas para detecção e quantificação dos microrganismos: Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Lactobacillus spp., Bifidobacterium spp. e Scardovia wiggisiae em sistema StepOnePlus Real-Time PCR System (Life Tech.) para PCR quantitativo em tempo real utilizando kits SYBR Green qPCR Master Mix (Stratagene, La Jolla, CA). Os dados foram analisados estatisticamente utilizando os testes de Kruskal‑Wallis/Mann-whitney e Quiquadrado (p<0,05). Os resultados mostraram que a frequência de detecção de S. mutans e S. sobrinus aumentou com a severidade da doença. Quando comparadas crianças LC e CS, a frequência de Bifidobacterium spp. e Scardovia wiggisiae aumentou significativamente no grupo CS. Quanto aos níveis de microrganismos, S. sobrinus e Bifidobacterium spp. foram significativamente maiores nas crianças com cárie, sendo severa ou não. Para Lactobacillus spp., não houve diferença entre os grupos. Conclui-se que, além de S. mutans, outras espécies bacterianas como as bifidobactérias, estão associadas à progressão da cárie precoce da infância.