O presente estudo avaliou por meio de análise histomorfométrica os efeitos do quimioterápico 5-fluorouracil (5‑FU) na evolução da periodontite experimental (PE). Foram utilizados 48 ratos, divididos aleatoriamente em 2 grupos e submetidos aos seguintes tratamentos: G1 (n=24) - animais não tratados com 5-FU, portadores da PE; G2 (n=24) - animais tratados sistemicamente com 5-FU, com indução de PE. A PE foi induzida pela adaptação de um fio de algodão ao redor do primeiro molar inferior esquerdo. Nos animais do G2 a droga 5-FU foi administrada no momento da indução da PE (60 mg/Kg) e após 48 horas (40 mg/Kg). Após 7 dias da evolução da PE, nos animais dos grupos G1 e G2 a ligadura foi removida. Os animais, em número de oito para cada grupo/tempo, foram eutanasiados aos 07, 15 e 30 dias após a remoção da ligadura. Foram obtidos cortes seriados de 4 μm de espessura no sentido mésio-distal e corados com Hematoxilina e Eosina. A porcentagem de osso na furca (POF) foi avaliada por análises histomorfométrica. O número de Leucócitos Totais (LT) e neutrófilos foram avaliados. Os dados obtidos foram submetidos à análise estatística (α=5%). Observou-se que os animais do G2 (34,20±19,01; 40,03±13,08) apresentaram menor POF quando comparados aos animais do G1 (66,20±9,09; 66,23±11,82) aos 7 (p<0,02) e 30 (p<0,01) dias respectivamente. Os animais do G2 apresentaram redução dos LT e neutrófilos após tratamento com 5-FU. Dentro dos limites do presente estudo pode-se concluir que o 5-FU na dosagem utilizada, agravou a evolução da PE em ratos.