As bactérias do domínio Archaea são mesófilas, anaeróbias obrigatórias que também são denominadas de metanogênicas. Podem estar presentes em diversos nichos ecológicos como sistema grastrointestinal, vagina e boca, estando presentes em maior número em casos de periodontites. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi identificar o domínio Archaea em indivíduos HIV-positivos com diferentes condições bucais e imunológicas. Foram selecionados 118 indivíduos, fazendo uso ou não de antirretrovirais (ARV). Amostras de biofilme supra e subgengival foram coletadas, bem como os registros do histórico médico dos pacientes. A detecção das archaeabactérias foi realizada pela reação em cadeia da polimerase (PCR), com primers e temperaturas de desnaturação, anelamento e extensão específicos para o microrganismo alvo. Foi aplicado o teste de regressão logística multivariada para avaliar a inter-relação entre os microrganismos e a significância dos parâmetros clínicos. Os resultados mostraram uma baixa prevalência desses microrganismos em biofilme supra e subgengival de pacientes HIV usuários ou não de ARV, estando presente no biofilme supragengival de apenas um paciente com uso de ARV e no biofilme subgengival de três pacientes que usam ARV. Não foram encontrados microrganismos desse domínio no biofilme de pacientes sem o tratamento com ARV. Os resultados permitem concluir que organismos do domínio Archaea são pouco prevalentes no biofilme de pacientes HIV positivos e essa ocorrência não apresenta correlação com quaisquer variáveis clínicas avaliadas.