Distúrbios genéticos durante o desenvolvimento dentário influenciam na variação do número e formada dentição. Este é o primeiro estudo a avaliar se a variação genética nos genes da formação do esmalte dentário está associada com a Hipomineralização Molar-Incisivo (HMI), levando também em consideração, a experiência de cárie. Amostras de DNA de 71 casos (com HMI) e 89 controles (não afetados) de Araraquara/SP (Brasil) foram analisadas. Onze marcadores em cinco genes [ameloblastina (AMBN), amelogenina (AMELX), enamelina (ENAM), tuftelina (TUFT1), e proteína 11 interagindo com tuftelina (TFIP11)] foram genotipados pelo método TaqMan. O teste Qui-quadrado foi utilizado para comparar as frequências alélicas e genotípicas entre os grupos caso e controle. A experiência de cárie no grupo HMI também foi avaliada para a associação com a variação genética nos genes da formação do esmalte. Os marcadores rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), foram associados com a HMI (p<0.05). Associações dos marcadores rs5997096/rs134136(TFIP11), rs12640848/ rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) com a cárie dentária foram observadas. O presente estudo sugere possibilidade de associação entre o esmalte hipomineralizado e variação genética nos genes da formação do esmalte dentário.