Infecções por herpes (HSV) e citomegalovírus (CMV) são as maiores causas de morbidade e mortalidade em transplantados de órgãos e tecidos, apresentando lesões mais extensas e agressivas em relação a pacientes imunocompetentes. Com objetivo de avaliar a relação entre suspeitas clínicas e diagnóstico laboratorial por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR), foram examinados pacientes com diagnóstico presuntivo de lesões virais, que foram submetidas à raspagem, coleta da secreção com swab e as amostras enviadas ao laboratório de biologia molecular para PCR de acordo com as suspeitas clínicas. Os dados foram analisados através do teste t de Student. A amostra de 29 pacientes consistia de 48,3% de transplantados de medula óssea, 44,8% de rim, 3,4% de coração e 3,4% de fígado. Suspeita clínica de HSV 44,8%, de CMV 6,9% e 48,3% de diagnóstico duvidoso. O PCR foi positivo em 36,7% dos casos para HSV, 6,7% para CMV e 10% para HSV+CMV. PCR negativo em 46,7% dos casos. Houve diferença significante entre o diagnóstico presuntivo e o exame de PCR (p < 0,001), permitindo concluir que o exame clínico somente é insuficiente para conclusão diagnóstica de lesões suspeitas de infecções virais em pacientes transplantados, tornando necessários exames complementares de alta confiabilidade como o PCR.