A obturação do canal radicular complementa todo o esforço realizado nas demais etapas do tratamento endodôntico, conduzindo e contribuindo para o êxito definitivo deste, o que torna importante o estudo de diferentes técnicas de obturação. Esse estudo avaliou microscopicamente a área de canal radicular preenchida pelos cones de guta-percha utilizando a técnica de Condensação Lateral e de Cone Único. Os canais mesiais de 20 molares inferiores permanentes humanos após serem instrumentados pela técnica do Sistema ProTaper Universal foram divididos por dois e obturados pela técnica de Cone Único do Sistema ProTaper Universal e pela técnica da Condensação Lateral. Em seguida, as raízes mesiais foram cortada transversalmente nas medidas de 3, 5 e 7 mm na direção ápice-cervical e os espécimes resultantes analisados em microscópio digital com a guta-percha mensurada pelo programa para medição de áreas (ImageTool).Os dados foram analisados pelo teste t-Student (p < 0,05) e os resultados demonstraram que ambas as técnicas de obturação são eficientes ressaltando que na região apical a quantidade de guta-percha encontrada foi maior nos canais obturados pela técnica do Cone Único (p < 0,0001). Conclui-se que a técnica de Cone Único do Sistema ProTaper Universal possibilitou o preenchimento satisfatório do canal radicular com guta-percha. Apoio: FAPESP.