Os cimentos criam a união entre a guta-percha e as paredes dentinárias além de possuir a capacidade de penetrar nos canais laterais e nos túbulos dentinários. Esse estudo teve como objetivo comparar a profundidade de penetração de diferentes cimentos endodônticos nos túbulos dentinários. Foi utilizado trinta dentes uniradiculados, que foram instrumentados até a lima K #60 e irrigados com hipoclorito de sódio à 1%, finalizando com EDTA a 17% por 3 minutos. Os dentes foram divididos em 3 grupos, com 10 cada, e obturados com guta-percha e cimento. Os cimentos avaliados foram: Sealer 26, Sealapex e Guttaflow, acrescidos com Rodamina B 0,01%. Os canais foram obturados usando a técnica de condensação lateral. As raízes foram seccionadas transversalmente a 3 e 5 mm aquém do ápice. A profundidade de penetração dos cimentos dentro dos túbulos dentinários foram analisadas usando microscopia Confocal. As médias de penetração nos túbulos dentinários a 3 mm foram: Sealer 26 (232.9.60 ± 95.52), Sealapex (442.82 ± 211.03), Guttaflow (139.41 ± 69.01) e ao nível de 5 mm foram: Sealer 26 (412.75 ± 169.2), Sealapex (681.01 ± 189.7), Guttaflow (242.92 ± 100.36). Aos níveis de 3mm e 5mm o teste Anova-Tukey mostrou diferença significativa (p < 0.01) entre os cimentos avaliados. A penetração intratubular dos cimentos aumentou significativamente no nível de 5 mm em comparação a 3 mm. O Sealapex mostrou maior profundidade de penetração intratubular em comparação com o Sealer 26 e Guttaflow, e não houve diferença estatística significante entre os cimentos gutta-flow e Sealer 26.