As alterações sistêmicas, sobretudo as cardiovasculares e endócrinas, são um importante problema de saúde pública e uma das principais causas de morte da população adulta dos países desenvolvidos. O presente estudo avaliou a prevalência das alterações sistêmicas em pacientes atendidos na região de Araçatuba - SP por meio da análise de 4.330 prontuários do serviço de Cirurgia e Traumatologia Buco-Maxilo-Facial da Faculdade de Odontologia de Araçatuba - UNESP no período de 1999 a 2007. Os fatores considerados incluíram idade, gênero, presença de vícios, alterações sistêmicas e tratamento médico instituído. A prevalência das alterações sistêmicas mostrou-se alta, principalmente na faixa etária dos 21-40 anos, em pacientes do sexo masculino. As principais alterações encontradas foram as cardiovasculares seguida das gastrointestinais, respiratórias e neurológicas. O hábito de fumar foi o mais encontrado (26,23%) seguida da associação fumo-álcool (7,27%) e alcoolismo (6%). O estudo concluiu que na população avaliada a presença de alterações sistêmicas mostrou-se significativa, sobretudo das alterações cardiovasculares, refletindo a importância do conhecimento do diagnóstico e tratamento destas durante o procedimento odontológico.