O diagnóstico microbiológico das condições periodontais constitui método para o acompanhamento da eficácia do tratamento, bem como para a caracterização da microbiota do paciente. O presente estudo avaliou a possibilidade de se empregar a saliva para análise da microbiota de indivíduos com diferentes condições periodontais. A amostra foi constituída de 53 pacientes com gengivite, 52 com periodontite e 70 eram saudáveis. Os espécimes clínicos de saliva e do biofilme subgengival foram obtidos, sendo que a ocorrência de 14 patógenos foi avaliada através de PCR. A prevalência dos microrganismos testados e a confiabilidade dos resultados foram avaliadas pelas estatísticas de Cochran e Mantel-Haenszel. Verificou-se uma concordância de 79% a 86% entre as amostras de saliva e de biofilme subgengival para a ocorrência de Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Campylobacter rectus, Eikenella corrodens e Fusobacterium nucleatum. Valores ainda significativos foram observados para Prevotella intermedia, Tannerella forsythia e Enterococcus faecalis. Os resultados sugerem que a saliva pode ser utilizada para a caracterização da microbiota subgengival.