A microbiota associada às doenças periodontais parece sofrer influências de fatores modificadores, como as características étnico-raciais, condições de higiene e de dieta. Assim, o presente estudo avaliou a distribuição de cinco espécies de microrganismos periodontopatogenicos em 90 indigenas das etnias Umutina, Paresi, Bororo, Bakairi, Kayabi, Irantxe, Nambikwara e Terena com diferentes condições de saúde periodontal. Após exame clínico periodontal, amostras do biofilme subgengival, supragengival e saliva foram coletados e transferidos para microtubos contendo água ultra pura, para extração do DNA microbiano. A detecção dos microrganismos por PCR foi realizada com iniciadores específicos, em termociclador, sendo que os amplicons foram observados após eletroforese em gel de agarose corados com brometo de etídio. Após análise logística multivariada e o teste de Qui-quadrado, verificou-se que Porphyromonas gingivalis e Fusobacterium nucleatum foram associados à gengivite, enquanto que a perda óssea mostrou-se ligada à F. nucleatum, P. intermedia e P. gingivalis. A freqüência de detecção de F. nucleatum e P. gingivalis foi maior entre indivíduos com elevados níveis de placa visível. Assim, os resultados sugerem que a microbiota associada às doenças periodontais nessas etnias apresenta peculiaridades que merecem ser melhor avaliadas, como a participação de microrganismos exógenos na cavidade bucal humana. FAPESP 07/51016-3