Este estudo objetivou avaliar os microrganismos presentes na saliva relacionando com diferentes condições periodontais. A amostra constituiu de 90 índígenas. Avaliaram-se os índices de placa e sangramento, perda de inserção e profundidade clínica de sondagem. Os espécimes clínicos foram coletados da saliva sendo que a presença dos principais microrganismos foram detectados por PCR. Alterações periodontais foram freqüentes nos pacientes examinados sendo predominante a gengivite (53,3%) e periodontite (42,2%). A freqüência de detecção de F. nucleatum, E. faecalis, E. corrodens, P. intermedia foi mais elevada em pacientes que apresentavam gengivite, enquanto P. micros, P. gingivalis, C. rectus, Enterococcus spp. e P. nigrescens foram observados com maior freqüência entre indivíduos com periodontite. Os biofilmes: supra e subgengivais parecem ter a mesma importância como fonte de contaminação para a saliva. Assim, deve-se ter em consideração que a saliva é o maior veículo de disseminação de microrganismos para diferentes sítios anatômicos na cavidade bucal, bem como para a transmissão entre pessoas diferentes, como mãe e filhos. FAPESP 07/54851-0