O desenvolvimento de resistência a antifúngicos sistêmicos, como fluconazol, dificulta o tratamento e prevenção da estomatite protética nos pacientes HIV+, causando infecções recorrentes. Considerando que a irradiação por microondas é um método físico de desinfecção, que não promove resistência dos microrganismos, o objetivo desse estudo foi avaliar sua efetividade na esterilização de próteses totais contaminadas com 7 cepas de C. glabrata (1 ATCC e 6 isolados clínicos de pacientes HIV+, sendo 3 resistentes ao fluconazol). Setenta próteses, esterilizadas com óxido de etileno, foram inoculadas e incubadas (48 horas a 37 °C). As próteses experimentais foram imersas em água destilada (200 mL) e irradiadas em microondas por 3 minutos a 650 W. Próteses não-irradiadas corresponderam aos grupos controle (n = 10). Suspensões foram plaqueadas nas diluições de 10 –1 a 10 – 4 e os valores de ufc.mL–1 foram calculados. As próteses irradiadas foram incubadas por 7 dias para avaliar a efetividade da desinfecção a longo prazo. Os resultados demonstraram que todas as próteses do grupo experimental foram efetivamente esterilizadas pela irradiação por microondas. Concluímos que a irradiação por microondas, durante 3 minutos a 650 W, resultou em esterilização de todas as próteses contaminadas com as 7 cepas avaliadas.