Os antifúngicos utilizados no tratamento de estomatite protética podem apresentar-se deficientes. A irradiação de próteses por microondas tem sido relatada como um método efetivo para esse tratamento. Assim, este estudo avaliou o efeito da irradiação de próteses totais por microondas como tratamento da estomatite protética. Vinte indivíduos foram distribuídos em 2 grupos. Os pacientes do Grupo Controle receberam Nistatina por 15 dias. No Grupo Experimental, as próteses foram irradiadas em microondas (3 minutos a 650 W) 1 vez por semana por 15 dias. Após o tratamento (15 dias) e nos períodos de avaliação seguintes (30, 60 e 90 dias) foram realizadas culturas micológicas quantitativas dos indivíduos submetidos aos tratamentos. Não houve efeito diferenciado entre os 2 grupos. Os dados numéricos obtidos foram submetidos ao teste de grupos Controle e Experimental (p > 0,05) quanto à proporção de indivíduos com ausência de colônias viáveis de Candida spp. ao final do tratamento (15 dias). No Grupo Controle, a recidiva ocorreu para todos os pacientes até 60 dias. No Grupo Experimental, ainda havia pacientes que não apresentaram recidiva de estomatite protética aos 90 dias. A desinfecção de próteses totais por microondas no tratamento da estomatite protética foi similar à utilização da Nistatina.