A desinfecção de próteses por microondas pode ser uma alternativa para evitar a contaminação cruzada. Este estudo avaliou a efetividade de dois tempos de irradiação por microondas na desinfecção de próteses totais contaminadas com B. subtilis -Bs. Trinta PT foram confeccionadas, esterilizadas, e inoculadas com o Bs. Após 24 h à 37°C, 10 PT não foram irradiadas (controle). Suspensões de cada amostra foram plaqueadas nas diluições seriadas de 10-1 a 10-4, incubadas a 37°C/48 h e os valores de ufc/mL foram obtidos. As demais PT foram transferidas para béqueres contendo 200 mL de água destilada estéril e irradiadas durante 5 (n = 10) ou 3 (n = 10) min, seguido do plaqueamento. Além disso, estas PT foram incubadas por 7 dias em caldo Tryptic Soy. As PT do grupo controle demonstraram um crescimento bacteriano significativo (89 x 104ufc/mL). Para o grupo de PT irradiadas por 5 min, foi observado crescimento bacteriano em 3 amostras após 48 h (0,03 x 104 ufc/mL), e nas 7 PT restantes não houve crescimento após 48 h e 7 dias. Nas PT irradiadas por 3 min, foi observado o crescimento bacteriano em 6 amostras após 48 h (0,11 x 104 ), e todas as amostras turvaram após 7 dias. Assim, conclui-se que a irradiação por microondas durante o tempo de 3 min foi um procedimento efetivo para desinfecção de PT contaminadas com Bs.