A estomatite protética é uma infecção fúngica observada em cerca de 65% de pacientes portadores de próteses totais. Apesar da Candida albicans-Ca ser o principal agente responsável pelo seu aparecimento, outras espécies têm sido identificadas: C. dubliniensis-Cd, C. glabrata- Cg, C. tropicalis-Ct e C. krusei-Ck. O objetivo desse estudo in vitro foi avaliar a efetividade da irradiação por microondas na desinfecção de próteses totais contaminadas por cepas padrão de Ca, Cd, Cg, Ct e Ck. Cem próteses estéreis foram inoculadas com um dos microrganismos e incubadas (48 h-37°C). Cinqüenta próteses foram irradiadas a 650W por 3min (5 grupos experimentais). Próteses não-irradiadas corresponderam aos 5 grupos controle (n = 10). Suspensões em duplicata foram plaqueadas após diluição seriada e o número de colônias (ufc/mL) foi contado. Os resultados foram analisados pelo Teste de Kruskal–Wallis (p < 0.05). As próteses do grupo controle contaminadas com Ca-4,057 x 106 e Cg-4,223 x 106 apresentaram valores de ufc/mL significativamente maiores quando comparadas às demais espécies (Cd = 1,975 x 106; Ck = 1,2x106; Ct = 2,523 x 106). Não houve crescimento microbiano no grupo experimental. Foi concluído que a irradiação por microondas a 650W por 3min resultou em esterilização de próteses contaminadas com todas as espécies avaliadas.