O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da desinfecção por microondas sobre a resistência à flexão de quatro resinas autopolimerizáveis (Kooliner-K, Tokuso Rebase Fast-T, Ufi Gel Hard‑U, New Truliner-N) e uma resina para base de prótese (Lucitone 550‑L). Para cada material, foram confeccionados 48 corpos-de-prova (64 x 10 x 3,3 mm), divididos igualmente em 6 grupos (n=8). O grupo controle (T0) foi submetido ao ensaio mecânico sem ser irradiado. Para a desinfecção, cada corpo-de-prova foi imerso em 200 mL de água destilada e submetido às microondas a 650 W em um dos seguintes tempos: 1 min (T1), 2 min (T2), 3 min (T3), 4 min (T4) e 5 min (T5). O ensaio de resistência à flexão foi realizado na máquina MTS-810. Os valores de resistência à flexão foram submetidos à análise de variância e ao teste de Tukey (P = 0.05). Os resultados demonstraram que a resistência à flexão da resina K aumentou significativamente (P =.0010) em T5 comparada ao grupo T0. Para a resina termopolimerizável L, não houve diferença significativa (P > .05) em relação a T0. A resistência à flexão dos materiais T, U e N não foi alterada nos tempos testados. A desinfecção em microondas não ocasionou efeitos deletérios na resistência à flexão das resinas avaliadas, independente do tempo de exposição utilizado.