Este trabalho avaliou o efeito inibitório do sistema adesivo dentinário autocondicionante Clearfil Protect Bond (CPB) que contém o agente antibacteriano MDPB contra S. mutans e L. acidophillus, pelo método de difusão em Agar. Uma alíquota de 5 μL do material foi aplicada sobre discos de papel posicionados em placas de Petri contendo as bactérias semeadas em BHI Agar. Os componentes do CPB também foram avaliados em separado e a atividade antibacteriana foi testada de duas formas: sem e com fotoativação. A Clorexidina a 0,2% (CLX) e o Single Bond (SB) foram utilizados como controles positivo e negativo, respectivamente. Após incubação, as zonas de inibição foram mensuradas. O componente adesivo do CPB não apresentou atividade antibacteriana. Para o S. mutans, a aplicação da luz não influenciou o efeito antibacteriano nos diferentes materiais testados. O CPB‑P e o CPB‑P + A apresentaram atividade antibacteriana estatisticamente semelhantes e menores que a CLX. Para o L. acidophillus, a fotoativação reduziu a atividade antibacteriana do CPB-P e do CPB‑P + A (p < 0,05). Quando fotoativado, o CPBP apresentou ação antibacteriana semelhante à CLX e maior que o CPB‑P + A. Os materiais testados desempenharam efeito antibacteriano diferente de acordo com o tipo de microrganismo utilizado.