Introdução: Estomatite protética é uma condição associada a presença de Candida albicans.Atuais diretrizes para o tratamento recomendam a associação de terapia antifúngica e desinfecção da prótese.Formulações em gel compostas por agentes naturais foram propostos na literatura. Objetivos: O objetivo desta revisão foi analisar sistematicamente a literatura e responder a pergunta: Géis formulados com agentes antimicrobianos apresentam maior eficácia no tratamento da estomatite protética e biocompatibilidade do que fármacos antifúngicos? Material e método: Seguiu-se as orientações do PRISMA 2020 e foram realizadas buscas no PubMed, Scopus, Embase, Web of Knowledge,Lilacs e Google Scholar. Após a exclusão de resultados duplicados, realizou-se a seleção inicial por título e resumo, seguida por leitura na íntegra dos resultados selecionados. O risco de viés foi avaliado pela ferramenta ROB 2. Resultados: Inicialmente, 1064 referências foram encontradas. A partir dos critérios de elegibilidade, 8 foram incluídas.O emulgel contendo extratos de cravo e canela foi mais efetivo que o Clotrimazol. O Miconazol 2% foi mais efetivo que Zataria multiflora 0,1%, já Punica granatum a 0,5mL foi menos efetiva que o Miconazol e obteve efeito semelhante comparada ao gel de Uncaria tomentosa e Nistatina, com efeito sustentado por 30 dias. P. granatum a 10% obteve menor efetividade que Nistatina. U. tomentosa também apresentou menor efeito em relação à Nistatina, P. granatum e ao Miconazol, mas quando utilizada em concentração de 2% foi eficaz contra C. albicans com efeito sustentado por 14 dias. Os géis com extratos de própolis nas concentrações de 2,5% e 10% apresentaram efeito semelhante ao miconazol. Conclusão: Os géis formulados por agentes naturais foram eficazes no tratamento da estomatite protética, redução de Candida spp. e lesões no palato, com menor efeito adverso do que os antifúngicos. Não foi possível concluir se os géis apresentam eficácia superior aos antifúngicos devido a heterogeneidade de resultados entre os estudos.